La División de Estudios de Posgrado brinda el mayor número de programas de especialización en el país, cuenta con 78 especializaciones médicas, de las cuales 24 son de entrada directa a través del Examen Nacional de Aspirantes a Residencias Médicas, las 54 restantes son de entrada indirecta y requieren de estudios previos de especialización. Algunos de estos programas son exclusivos de la Universidad Nacional Autónoma de México y se imparten en las mejores instituciones de salud del país, pues la División cuenta con 166 sedes académicas donde se imparten 729 cursos de especialización de los cuales 124 tienen pertenencia al Sistema Nacional de Posgrados (SNP) de la Secihti.

Los Posgrados de Alta Especialidad en Medicina (PAEM) se dirigen a la formación de especialistas que ya cuentan con una especialidad médica y su finalidad es profundizar en habilidades más complejas. Actualmente se ofrecen 215 programas distribuidos en 75 sedes, tanto en la CDMX como en el interior de la República. Las convocatorias son emitidas por cada sede, fungiendo la UNAM como aval universitario.